《秘密的帐篷》是一部探索青少年内心世界的奇幻冒险漫画。内向的小学生小航在自家后院搭了一个旧帐篷，每到夜晚，帐篷内部会变成一个连接着无数平行世界的“心理驿站”。不同世界的“小航”会带着各自的烦恼来到这里：有因父母离婚而分裂成两个的“平行小航”，有因考试压力化身成怪兽的“焦虑小航”，还有被同学霸凌而躲进自己内心世界的“透明小航”。小航必须在这些冒险中，帮助其他世界的自己，同时也解开自己内心深处的结。
小航升入初中，决定拆掉帐篷。在最后一次进入驿站时，所有平行世界的“小航”都来送别。他们合为一体，告诉小航：“我们就是你，你已经不需要这个帐篷了，因为你的心，已经足够强大。”
小航父母吵架冷战，他的世界开始崩塌。在驿站里，他遇到了因父母离异而分裂成两个的“平行小航”。小航帮助他们互相理解，最终也鼓起勇气，向现实中的父母表达了害怕失去他们的心情。
期末考试临近，一个由试卷组成的“考试巨兽”袭击了驿站。小航发现这是另一个“焦虑小航”的恐惧具象化。他没有战斗，而是坐下来教“焦虑小航”如何复习，巨兽随之瓦解。
一个“透明小航”来到驿站，他在学校里被同学无视和捉弄，觉得自己像空气。小航帮他找到了自己独特的绘画天赋，并鼓励他在才艺展示中展出，“透明小航”终于重新“显形”。
深夜，帐篷里突然闯进一个浑身湿漉漉、自称是“另一个小航”的男孩。他说他的世界正在被一种名为“麻木”的黑暗吞噬，他是来求救的。小航决定帮助他，首次展开跨越平行世界的冒险。
小航生日收到了一个旧帐篷，是爷爷留下来的。当晚他好奇地爬进去睡觉，醒来时发现帐篷外是星空和浮岛。一个戴着眼镜的布偶猫对他说：“欢迎来到‘秘密的帐篷’驿站，我是你的向导。”